موضع بروجردی در مورد سیاست کاملاً محافظه کارانه بود و او نگران بود که دخالت مرجعیت در سیاست و کارکرد اشتباه آن به نام دین نوشته شود.[۸] به عنوان مثال در مورد جنبش ملی شدن صنعت نفت می‌گوید که «من در قضایایی که وارد نباشم و آغاز و پایان را ندانم و نتوانم پیش بینی کنم، وارد نمی‌شوم. قضیه ملی شدن صنعت نفت را نمی‌دانم چیست، چه خواهد شد و در آینده در دست چه کسانی خواهد بود. البته روحانیت نباید به هیچ وجه با این حرکت مخالفت کند، که اگر با این حرکت مردمی مخالفت کند و این حرکت ناکام بماند، در تاریخ ایران ضبط خواهد شد که روحانیت شد؛ لذا به آقای بهبهانی و علمای تهران نوشتم که مخالفت نکنند.»[۹] او همچنین مخالف شرکت طلاب در انتخابات مجلس بود. رابطه بروجردی با اسلام گرایان تندرو نیز تیره بود و در بهار ۱۳۳۱ دیدار با نواب صفوی و یارانش را نپذیرفته بود.
صادق طباطبایی به نقل از پدرش می‌گوید که: "چند روز بعد که اصحاب آیت‌الله بروجردی، از جمله پدرم در محضر ایشان بودند، یکی از بزرگان و از مدرسین حوزه که ظاهراً پدر همین آیت‌الله فاضل لنکرانی، مرجع معاصر، علت این رفتار را از آقای بروجردی سوال کرده و می‌پرسد چرا این افراد را که خواهان حکومت اسلامی هستند، نپذیرفتید؟ ایشان در جواب می‌گویند: این آقایان می‌خواهند شاه را بردارند ولی امثال شما را به جای او بگذارند. شخصی دیگری که ظاهراً مرحوم آیت الله کبیر، از علمای بزرگ و فقهای برجسته بوده‌است می‌پرسد، مگر چه اشکالی دارد؟ آیت الله بروجردی در جواب می‌گویند، اشکال بزرگ این امر در این جا است که شاه با اسلحه توپ و تفنگ به جان مردم می‌افتد، با این اسلحه می‌شود مقابله کرد ولی اگر شما به جای او نشستید، اسلحه شما ایمان و عقاید مردم است که به جان مردم می‌اندازید. با این اسلحه نمی‌توان به راحتی مقابله کرد و لذا دین و ایمان مردم به بازی گرفته می‌شود. "[۱۰][۱۱] منتظری نیز می‌گوید که «کسانی همچون مرحوم ربانی شیرازی، آشیخ علی لر و آقای شیخ اسمعیل ملایری مبعوث شدند که به این قائله (فدائیان اسلام) خاتمه دهند. کار به جایی رسید که یک شب بعد از نماز مغرب و عشا طرفداران مرحوم نواب آمدند در مدرسه فیضیه شعار بدهند، آقایان تعقیبشان کردند و آنها رفتند تهران.»[۱۲]
بنا به گفته‌های صادق خلخالی، سید روح‌الله خمینی موضع سیاسی بروجردی را نمی‌پسندید و اعدام فدائیان خلق، نقطه جدایی آنها شد: «همین کارها نیز باعث شد که امام از بیت آقای بروجردی فاصله گرفت و دیگر رفت و آمد خود را عملا قطع کرد.»[۱۳] از سوی دیگر بروجردی نیز این حمایت روح‌الله خمینی از فدائیان را نمی‌پسندید و می‌گوید که «من نمی‌دانم چرا بعضی از عقلای قم از اینها حمایت می‌کردند.»[۱۲] مرتضی مطهری نیز به همین دلیل با نوشتن نامه ای از قم به تهران رفت. منتظری نقل می‌کند که "من رفتم خدمت ایشان و گفتم آقای مطهری این نامه را دادند خدمت شما و خداحافظی هم کردند. آقای بروجردی نامه را نگرفت، گفتم بالاخره ایشان گفته… با ناراحتی نامه را کنار زد.[۱۲]
دیدگاه‌های کتاب الکترونیکی هفته‌نامه تهران مصور - شماره 512 - 15 خرداد 1332
صادق طباطبایی به نقل از پدرش می‌گوید که: "چند روز بعد که اصحاب آیت‌الله بروجردی، از جمله پدرم در محضر ایشان بودند، یکی از بزرگان و از مدرسین حوزه که ظاهراً پدر همین آیت‌الله فاضل لنکرانی، مرجع معاصر، علت این رفتار را از آقای بروجردی سوال کرده و می‌پرسد چرا این افراد را که خواهان حکومت اسلامی هستند، نپذیرفتید؟ ایشان در جواب می‌گویند: این آقایان می‌خواهند شاه را بردارند ولی امثال شما را به جای او بگذارند. شخصی دیگری که ظاهراً مرحوم آیت الله کبیر، از علمای بزرگ و فقهای برجسته بوده‌است می‌پرسد، مگر چه اشکالی دارد؟ آیت الله بروجردی در جواب می‌گویند، اشکال بزرگ این امر در این جا است که شاه با اسلحه توپ و تفنگ به جان مردم می‌افتد، با این اسلحه می‌شود مقابله کرد ولی اگر شما به جای او نشستید، اسلحه شما ایمان و عقاید مردم است که به جان مردم می‌اندازید. با این اسلحه نمی‌توان به راحتی مقابله کرد و لذا دین و ایمان مردم به بازی گرفته می‌شود. "[۱۰][۱۱] منتظری نیز می‌گوید که «کسانی همچون مرحوم ربانی شیرازی، آشیخ علی لر و آقای شیخ اسمعیل ملایری مبعوث شدند که به این قائله (فدائیان اسلام) خاتمه دهند. کار به جایی رسید که یک شب بعد از نماز مغرب و عشا طرفداران مرحوم نواب آمدند در مدرسه فیضیه شعار بدهند، آقایان تعقیبشان کردند و آنها رفتند تهران.»[۱۲]
بنا به گفته‌های صادق خلخالی، سید روح‌الله خمینی موضع سیاسی بروجردی را نمی‌پسندید و اعدام فدائیان خلق، نقطه جدایی آنها شد: «همین کارها نیز باعث شد که امام از بیت آقای بروجردی فاصله گرفت و دیگر رفت و آمد خود را عملا قطع کرد.»[۱۳] از سوی دیگر بروجردی نیز این حمایت روح‌الله خمینی از فدائیان را نمی‌پسندید و می‌گوید که «من نمی‌دانم چرا بعضی از عقلای قم از اینها حمایت می‌کردند.»[۱۲] مرتضی مطهری نیز به همین دلیل با نوشتن نامه ای از قم به تهران رفت. منتظری نقل می‌کند که "من رفتم خدمت ایشان و گفتم آقای مطهری این نامه را دادند خدمت شما و خداحافظی هم کردند. آقای بروجردی نامه را نگرفت، گفتم بالاخره ایشان گفته… با ناراحتی نامه را کنار زد.[۱۲]